Das mit dem Masterplan formulierte Konzept für die Neugestaltung der Freiflächen knüpft an Friedrich Wilhelms IV. Vision einer „Freistätte für Kunst und Wissenschaften“ an. Über große Höfe und neu erschlossene Wege werden die Besucherinnen und Besucher zukünftig zu jeder Tages- und Nachtzeit die Museumsinsel erleben können. Wenn das Freiflächenkonzept umgesetzt ist, werden alle Bereiche um die Museumsgebäude zusammenhängend zugänglich sein.
Arkadisch präsentiert sich der von Stüler entworfene Kolonnadenhof vor dem Neuen Museum und der Alten Nationalgalerie. Er wird von einem Kolonnadengang umschlossen. Diesen führt David Chipperfield Architects an der Bodestraße in moderner Architektursprache fort und lässt zwischen Neuem Museum und James-Simon-Galerie den Neuen Hof entstehen.
Vom Neuen Hof aus wird man künftig durch die Passage zwischen Pergamonmuseum und Neuem Museum verschiedene Orte der Insel erreichen können: Wendet man sich nach links kann man den Südflügel des Pergamonmuseums durchqueren und erreicht so den Ehrenhof. Spaziert man die Passage geradeaus weiter, öffnet sich rechts erneut
der Blick in den historischen Kolonnadenhof und links die neu gestaltete Freifläche an der Spreeseite des Pergamonmuseums.
Auch der Bereich am Bahnviadukt soll für die Besucherinnen und Besucher geöffnet werden. Diese Fläche zwischen Bode-Museum und Pergamonmuseum mündet in die sogenannten Kleinen Neugierden, von denen man über den Kupfergraben blicken kann.
Einen weiteren Ort am Wasser erreicht man über einen Durchgang zwischen Pergamonmuseum und James-Simon-Galerie: Die Terrasse der James-Simon-Galerie wird auch außerhalb der Öffnungszeiten der Museumsinsel zugänglich sein.
Mit dem sandfarbenen Naturstein, der die Gebäude auf der Museumsinsel prägt, werden auch die Freiräume gestaltet. In ihrer Ausstattung und Bepflanzung nehmen die Flächen sowohl aufeinander als auch zum städtebaulichen Umfeld der Insel Bezug, so dass ein harmonisches Ensemble entsteht. Im Zusammenspiel mit seiner Umgebung entwickelt jeder der Freiräume seinen ganz eigenen Charakter. Im westlichen Bereich ragen die Museumsgebäude direkt am Kupfergraben empor. Die auf dieser Seite gelegenen Flächen sind durch die Gestaltungselemente Stein und Wasser geprägt. Auf der östlichen Seite treten die Museumsgebäude von der Spree zurück. Es entstehen offenere Flächen, die auch auf den gegenüberliegenden James-Simon-Park Bezug nehmen werden.
Auf Basis des Masterplans Museumsinsel wurde ein Realisierungswettbewerb mit dem Titel "Zwischenräume - Gestaltung des öffentlichen Raumes auf der Museumsinsel" ausgeschrieben. Im Februar 2001 ging das Büro Levin Monsigny Landschaftsarchitekten als Gewinner aus diesem Wettbewerb hervor. Seitdem wird das Freiflächenkonzept von Levin Monsigny nach und nach umgesetzt. Die Flächen werden jeweils gemeinsam mit der Instandsetzung und Erweiterung der Museumsgebäude gestaltet. In einem ersten Schritt wurde im Jahr 2010 der Kolonnadenhof glanzvoll wieder eröffnet. Nicht Teil des von Levin Monsigny entwickelten Konzeptes ist der Ehrenhof des Pergamonmuseums. Dieser wird jedoch zukünftig direkt mit den anderen Freiflächen verbunden sein.
